Practic, cea mai importantă teorie a conspiraţiei referitoare la Biserica Romano-catolică se concentrează la secretele Arhivei Vaticanului. Arhivele sunt adăpostite într-o secțiune a Bibliotecii Vaticanului, adiacent Muzeului Vaticanului, la limita de nord a Vaticanului. Arhivele au site-ul lor propriu, operat de Vatican, care arată că documentele găzduite în interior se referă la chestiuni interne ale Vaticanului, ar fi conturile de cheltuieli papale, corespondența de stat, corespondența individuale, inclusiv scrisorile originale scrise de Michelangelo Buonarroti papei Iulius al II-lea și altor autorități catolice.
Teoria conspirației, însă, este interesată de chestiuni mai misterioase. Având în vedere că Arhivele sunt estimate la aproximativ 100 de km de documente, în mod sigur există unele lucruri foarte interesante acolo. Dar de ce o instituție puternică ca Vaticanul simte nevoia de a păstra aceste documente secrete? Le e frică de ceea ce s-ar putea întâmpla dacă publicul ar afla anumite informații? Cel puţin asta cred unii teoreticieni ai conspirației.
Unele dintre teoriile cele mai larg răspândite privind Arhivele Vaticanului sunt legate de Iisus, şi aici avem o mulţime de variante care mai de care mai fanteziste (în Arhive s-ar ascunde dovezi care arată că Iisus ar fi avut descendenţi, sau că Iisus nu ar fi existat sau că acolo s-ar găsi portrete oficiale ale lui Iisus, făcute de oameni care l-au văzut și l-au descris pe Hristos în viața reală, în comparaţie cu cele mai vechi reprezentări cunoscute ale lui Iisus, care datează de la sfârșitul secolul 2 d.Hr.).
Această linie a teoriei conspiraţiei merge şi pe alte subiecte, Biserica fiind acuzată că ar ascunde dovezi în Arhive, referitoare la existența mai multor relicve biblice, cum ar fi Chivotul Legii, Sfântul Graal, Sf. Cruce, adevăratul Giulgiu și multe altele.
Absolut nimeni nu are voie să intre în Arhive, nici măcar cardinalii. De pe site-ul Arhivelor nu ne dăm seama dacă şi papa are voie sau nu să meargă acolo. Singurii 4 oameni cunoscuţi de pe pământ care au acces deplin la Arhive sunt în prezent cardinalii Raffaele Farina (Arhivarul sau Bibliotecarul), Jorge Maria Mejia și Luigi Poggi (Arhiviștii emeriti), precum și prefectul Arhivelor Secrete, Sergio Pagano.
Oare ce secrete îngrozitoare se ascund acolo?